Note préliminaire : il s’agit ici d’expliquer (ou réexpliquer) les mécanismes de base de l’ensemble des virus, sans référence à un virus particulier et encore moins aux processus d’infection, de propagation, … qui sont spécifiques à chaque (famille de) virus
Contrairement aux bactéries, pour survivre et se reproduire, les virus ont besoin d’être ‘hébergés’ par un hôte, la plupart du temps animal (même si il existe aussi des virus dans le monde végétal), l’être humain (homo sapiens1 – qui, depuis 2 ans semble avoir perdu ce caractère ‘sapiens’) n’étant qu’un animal/mammifère parmi d’autres, ce qui signifie qu’il est inutile de faire une distinction entre épizootie et épidémie2, les processus étant les mêmes et les virus pouvant parfois se transmettre entre espèces et ce, dans les 2 sens.
Cela étant posé, quand un virus pénètre dans un organisme vivant, il s’y installe, colonise des cellules et utilise leurs fonctions pour se reproduire. Lors de ces reproductions/copies, il arrive qu’il y ait des défauts, des ‘erreurs’ de copie, ce qu’on appelle des mutations ; quand ces mutations modifient de manière sensible le comportement du virus, on parle de ‘variant’. Le virus, bien entendu, n’est pas sédentaire, il se propage d’un individu à l’autre où il se reproduit de nouveau, se (re)propage, … augmentant ainsi la probabilité d’erreurs de retranscription et donc les mutations. Ainsi, plus le virus ‘circule’, plus la probabilité de nouvelles mutations (et donc de variants) augmente.
Quand le virus tente de s’installer chez un individu qui a déjà été infecté ou vacciné (dans les 2 cas le système immunitaire reconnaît plus ou moins rapidement l’agresseur), le dit système immunitaire va rapidement attaquer le virus, limitant (voire, idéalement, empêchant) sa reproduction et sa propagation ; mais si le virus a la possibilité de se reproduire, il peut arriver que certaines mutations soient moins bien (voire pas du tout) reconnues par les anticorps et qu’elles puissent continuer à sévir ; c’est simplement de la ‘sélection naturelle’ (comme pour les espèces animales ou végétales invasives), seule la version de virus portant les mutations lui permettant de survivre pourra continuer à se propager jusqu’à ce que d’autres mutations apparaissent et prennent le relais (ou pas, dans ce cas, l’épidémie peut s’éteindre).
Ce qui a peu de sens (restons poli) dans ce qu’on lit/entend souvent c’est de penser, voire prétendre que le virus choisirait sciemment, consciemment de muter pour échapper au système immunitaire (renforcé par une infection préalable ou la vaccination), alors qu’il ne s’agit que de ‘hasard’ lors des retranscriptions du virus et de simple sélection naturelle (c’est la version la mieux adaptée qui survit et prend la place des autres). Il est donc faux de prétendre comme le font certains que la vaccination produirait des variants résistants à la vaccination alors que c’est exactement la même chose quand le sujet a déjà été infecté … Ce serait attribuer au virus des capacités cognitives, de réflexion, une certaine forme d’intelligence, alors qu’il n’est déjà pas capable de survivre seul , encore moins de se reproduire, qu’il est, pour ces raisons, à la limite du vivant.
1‘sapiens : il existe plusieurs explications mais, toutes reviennent à dire ‘qui raisonne’, ou ‘doté d’intelligence’
2Cette similitude (quasi-) parfaite entre épizootie (chez les mammifères) et épidémie, explique pourquoi on retrouve parfois des vétérinaires dans les comités scientifiques qui conseillent les autorités